La espectacular batalla entre los Evangelion, las máquinas de combate definitivas creadas por la humanidad, y las insondables entidades conocidas como Ángeles se intensifica hasta alcanzar el punto de ruptura a partir del cual ya nada volverá a ser como antes. Bajo el incesante ataque invasor, la agencia NERV activa dos nuevas unidades de Eva pilotadas por la misteriosa Mari Illustrious Makinami y la agresiva Asuka Langley Shikinami. Por su parte, Shinji Ikari trata de soportar la presión del gran destino que le ha sido encomendado como piloto del Eva 01 con el único propósito de ganarse el afecto de su padre. Pero Gendo Ikari tiene su propia agenda secreta que incluye utilizar a su hijo y a la enigmática Rei Ayanami para despertar al Eva 01 y provocar el Tercer Impacto mucho antes de lo previsto.

El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de camara, historias alternativas, etc. Shinji Ikari llega a Tokyo-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejercito de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la version original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV donde se reencontrará con su padre Gendo (que es el Supremo Comandante de NERV), con la casi amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 (EVA 初号機, EVA shogōki) y luchaba contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal. Tras todo esto comienzan a aparecer nuevos ángeles.